روز 13 مهرماه 1343 حضرت امام به هـمـراه فرزنـدشان آیه الله حاج آقا مصطفـى از ترکیه به تبعیدگاه دوم، کشـور عراق اعزام شدند. امام خمینى پس از ورود بـه بـغداد بـراى زیارت مرقـد ائـمه اطهار(ع) به شهــرهــاى کاظمیـن، سامـرا و کـربلا شتـافت ویک هـفـته بعد بـه محل اصلـى اقـامت خـود یعنـى نجف عزیمت کرد.
دوران اقامت 13 ساله امام خمـینى در نجف در شرایطى آغاز شد که هر چند در ظاهر فشارها و محدودیـتهاى مستقیـم در حـد ایـران و تـرکیه وجـود نـداشت اما مخالفـتها و کارشکـنـیها و زخـم زبانهـا نـه از جـبـهـه دشمـن رویاروی بـلکه از ناحیه روحانى نمایان و دنیا خـواهان مخفى شده در لباس دیـن آنچنان گـسترده و آزاردهنده بود که امام با هـمـه صـبر و بـردبارى معروفـش بارها از سخـتى شرایط مبارزه در ایـن سالها بـه تلخى تمام یاد کرده است. ولى هـیچـیـک از ایـن مصـائب و دشـواریها نـتـوانـست او را از مـسیــرى که آگـاهانه انتخاب کرده بود باز دارد.
امام خمینى سلسله درسهاى خارج فـقه خـویـش را با همه مخالفتها و کارشکنیهاى عناصر مغرض در آبان 1344 در مسجد شیخ انصارى (ره) نجف آغاز کرد که تا زمان هجـرت از عراق به پاریـس ادامه داشت. حوزه درسى ایشان به عنـوان یکى از برجسته تریـن حوزه هاى درسى نجف از لحـاظ کیفیت و کمیت شـاگـردان شنـاخته شـد.
امام خمینـى از بدو ورود بـه نجف بـا ارسال نامـه ها و پیک‌هایى بـه ایران، ارتباط خویـش را بـا مـبارزیـن حـفـظ نـموده و آنان را در هـر منـاسبـتـى بـه پـایـدارى در پیگیـرى اهـداف قـیام 15 خـرداد فـرا مى خواند.
امام خمینى در تمام دوران پـس از تـبـعـید، علی رغـم دشواریهاى پدید آمـده، هیچگاه دست از مبارزه نـکـشیـد، وبـا سخنـرانیها و پیامهـاى خـویـش امیـد به پیـروزى را در دلها زنـده نگـاه مى داشت.
امام خمینى در گفتگـویى با نمانیده سازمان الفـتـح فـلسطیـن در 19 مهر 1347 دیـدگاههاى خویش را درباره مسائل جهان اسلام و جهاد ملت فلسطین تشریح کرد و در همین مصاحبه بر وجوب اختصاص بخشى از وجـوه شـرعى زکات بـه مجـاهـدان فلسطینـى فتـوا داد.
اوایل سال 1348 اختلافات بـیـن رژیـم شاه و حزب بـعث عراق بـر سر مرز آبـى دو کشـور شدت گرفت. رژیـم عراق جمع زیادى از ایـرانـیان مقیـم این کشـور را در بـدتریـن شرایط اخراج کرد. حزب بـعث بـسـیار کوشید تا از دشمـنى امام خمـیـنى با رژیـم ایـران در آن شرایط بـهـره گیرد.
چهار سال تـدریس، تلاش و روشنگرى امام خمـیـنـى تـوانسته بـود تا حـدودى فضاى حـوزه نجف را دگرگـون سازد. اینـک در سال 1348 علاوه بر مبارزین بیـشمار داخل کشور مخاطبین زیادى در عراق، لبـنان و دیگر بـلاد اسلامـى بـودنـد که نهـضت امام خمینى را الگـوى خویـش مى دانستند.